細(xì)胞內(nèi)的基因主要有兩個(gè)分布位置,核基因和質(zhì)基因.質(zhì)基因主要分布在線粒體和葉綠體中,這兩種細(xì)胞器被人們稱為半自主性細(xì)胞器,也就是說這些細(xì)胞器可以自行完成某些蛋白質(zhì)的合成（這些細(xì)胞器里也是核糖體的）.但無法合成進(jìn)行生命活所需的所有的蛋質(zhì)的,還有一些需要借助細(xì)胞核內(nèi)的基因來完成.一些科學(xué)家認(rèn)為這類細(xì)胞器起源于原始的原核生物,由于需要寄居在沒有這些細(xì)胞器的原始真核細(xì)胞上,為真核細(xì)胞寄主提供能量或有機(jī)物質(zhì).這就是內(nèi)共生學(xué)說.由于是原核生物寄居于其它細(xì)內(nèi),因此它自身就含有一定量的遺傳物質(zhì).因此說基因不全位于染色體上.