A、由同種元素組成的物質(zhì)，不一定是純凈物，例如，石墨與金剛石混合在一起，由碳元素組成，屬于混合物，所以，A錯誤；
B、由不同種元素組成的物質(zhì)，不一定是純凈物，例如，空氣中含有多種元素，屬于混合物，所以，B錯誤；
C、由同種分子構(gòu)成的物質(zhì)，物質(zhì)的組成種類只有一種，屬于純凈物，所以，C正確；
D、由一種元素的陽離子跟另一種元素的陰離子構(gòu)成的物質(zhì)，不一定是純凈物，例如，氯化亞鐵和氯化鐵混合在一起，是由鐵元素的陽離子跟氯元素的陰離子構(gòu)成的物質(zhì)，屬于混合物，所以，D錯誤．
故選C．