①由生殖細(xì)胞直接發(fā)育成的個(gè)體都屬單倍體，不一定有幾個(gè)染色體組，如四倍體的單倍體有二個(gè)染色體組，①錯(cuò)誤；
②單倍體是由生殖細(xì)胞直接發(fā)育成的個(gè)體，所以染色體數(shù)目要看是哪種生物，不同物種不同，②錯(cuò)誤；
③單倍體是由生殖細(xì)胞直接發(fā)育而來，所以含有本物種配子染色體數(shù)，③正確；
④二倍體的單倍體無同源染色體，多倍體的單倍體中的同源染色體的對(duì)數(shù)也不確定，要具體看是哪種生物，④錯(cuò)誤；
⑤單倍體是由生殖細(xì)胞直接發(fā)育而來，⑤正確．
故選：D．