A、多倍體育種過程不一定要使用秋水仙素，也可以采用低溫誘導的方法，故A錯誤；
B、基因工程是指按照人們的意愿，進行嚴格的設(shè)計，并通過體外DNA重組和轉(zhuǎn)基因等技術(shù)，賦予生物以新的遺傳特性，從而創(chuàng)造出更符合人們需要的新的生物類型和生物產(chǎn)品．可見，基因工程能定向培育生物新品種，故B正確；
C、用于大田生產(chǎn)的優(yōu)良品種不一定是純合子，如水稻存在雜種優(yōu)勢，用于大田生產(chǎn)的是雜合子，故C錯誤；
D、雜交育種的原理是基因重組，而單倍體育種的原理是染色體變異，故D錯誤．
故選：B．