生物學染料根據(jù)化學性質(zhì)劃分為：堿性染料、酸性染料和中性染料.堿性和酸性染料的劃分依據(jù)在于染料分子電離后的主要有色成分是陽離子還是陰離子,若染料分子電離后,有色離子為陽離子即為堿性染料,若有色離子為陰離子即為酸性染料,而中性染料則是由堿性染料和酸性染料混合后配制的,也稱復合染料.
酸性（堿性）染色劑的界定并非由染料溶液的pH值決定的,而是根據(jù)染料物質(zhì)中助色基團電離后所帶的電荷來決定.一般來說,助色基團帶正電荷的染色劑為堿性染色劑,反之則為酸性染色劑.
堿性染料通常能電離出無色的陰離子和有色的陽離子,如龍膽紫、亞甲基藍、美藍等；酸性染料通常能電離出一些無色的陽離子和有色的陰離子,如伊紅、苦味酸、健那綠等.