大約從5000年的農(nóng)業(yè)文明時代開始,人類的不合理活動對自然界的破壞開始加劇,毀林開荒、過度放牧使森林和草地等遭到了嚴(yán)重破壞,引起了水土流失、沙漠化,使生物多樣性的喪失速度大大高于自然喪失速度.特別是18世紀(jì)以來,人類由農(nóng)業(yè)文明跨入工業(yè)文明,伴隨工業(yè)的發(fā)展和人口的急劇增長,人類對自然界的索取急劇增加,加上環(huán)境污染,使全世界范圍內(nèi)的生物多樣性遭到了嚴(yán)重破壞,并以驚人的速度減少.全世界由于自然環(huán)境的破壞及濫捕濫獵,已使上千種野生動物滅絕.據(jù)估計,鳥類和哺乳動物的滅絕速度幾乎要比過去快100～1000倍.人類活動造成的生物多樣性喪失可以從下面幾個方面來說明.
（1）棲息地的喪失和片斷化.全球生態(tài)系統(tǒng)遭到嚴(yán)重破壞使很多生物失去棲息地.擁有50％物種的棲息地的熱帶雨林,比原有面積減少一半,大部分國家的森林均成片斷化,被退化土地所圍繞,損害了森林維持野生生物種群生存和重要生態(tài)過程的能力.中國的天然林被砍伐和形成片斷化情況更為突出.
（2）掠奪式的過度利用.人口的增長,對生物資源無止境的索取,使生物資源嚴(yán)重破壞.大量的森林、魚類和野生生物資源遭到過度采伐和濫捕濫獵,物種生存受威脅,有的達(dá)到了絕滅的程度.例如我國羚羊、野生鹿、珍貴毛皮動物和各種魚類物種種群數(shù)量已大大減少.中國海域的經(jīng)濟(jì)魚類資源在60年代已出現(xiàn)衰退現(xiàn)象,由于采捕過度,現(xiàn)在海洋漁獲量大大下降,如大黃魚等優(yōu)質(zhì)魚,目前幾乎不成漁汛.很多野生藥用植物和珍貴的食用菌,由于長期人工采摘和挖掘,使其分布面積和種群數(shù)量大大減少.許多國家級保護(hù)動物成了人們的盤中餐,而搜尋珍稀商品（如象牙）和用作寵物、獵奇收藏品也危及了某些種群,同時使另一些種群慘遭滅絕.
（3）環(huán)境污染.城鄉(xiāng)工農(nóng)業(yè)污水排放,大氣污染,重金屬以及難以降解的化學(xué)品富集化,引起水域、大氣和土壤污染.污染物的排放,已使生態(tài)系統(tǒng)忍受力和大氣擴(kuò)散能力負(fù)擔(dān)過重.臭氧層的耗竭、酸雨和空氣污染都對今天的生物多樣性產(chǎn)生了重大的傷害.污染物沿著生態(tài)系統(tǒng)的食物鏈轉(zhuǎn)移,使一些敏感物種種群數(shù)量減少或消失.我國受工業(yè)廢棄物明顯污染的農(nóng)田達(dá)0.1億公頃,約占農(nóng)田總面積的10％,受農(nóng)用化學(xué)物污染的面積也達(dá)0.1億公頃.中國不少湖泊和河流被工業(yè)廢水污染,使得某些水生生物消亡.
（4）農(nóng)業(yè)和林業(yè)的品種單一化.在農(nóng)業(yè)上為了達(dá)到更高的收獲量,往往就種植單一的高產(chǎn)品種,這些作物在世界經(jīng)濟(jì)中占重要地位.隨著作物種類數(shù)量降低,與之相應(yīng)的固氮細(xì)菌、菌根、捕食生物、傳粉和種子傳播的生物以及一些在傳統(tǒng)農(nóng)業(yè)系統(tǒng)中幾世紀(jì)共同進(jìn)化的物種消失了,如印度尼西亞在過去15年內(nèi)已有1500個水稻地方品種消失了.農(nóng)業(yè)上品種的高度一致性對病蟲害的爆發(fā)和其它災(zāi)害的發(fā)生缺乏抵御能力.林業(yè)上為了人類的需要往往毀去物種豐富的林地,種植單一樹種,例如轉(zhuǎn)變?yōu)榭Х?、油棕和橡膠的種植園,使各類生物失去原有棲息地.
（5）外來種的引入.外來種的引入能夠引起物種的滅絕,因為有些外來種常引起當(dāng)?shù)貍鹘y(tǒng)食物鏈和食物網(wǎng)的破壞,造成生態(tài)失衡.某些地區(qū)由于人類的定居,任意引入外來物種,特別是動物,往往導(dǎo)致整個或部分的陸生動、植物的滅絕.自從1600年以來,由于外來種的引入,全世界的兩棲類和爬行類共有22個種滅絕；在新西蘭,自1000年以來,青蛙和蜥蜴有9個種由于引入外來種而使之滅絕或接近滅絕,23個種和亞種的當(dāng)?shù)伉B類瀕臨滅絕.在具有極高特有種的非洲裂谷省的一些湖泊里,引進(jìn)魚種以使當(dāng)?shù)氐耐辽N瀕臨滅絕；外來的蠓、蛇和其它引進(jìn)動物,可能很快就會導(dǎo)致當(dāng)?shù)赝辽鷦游锏臏缃^；而引進(jìn)的食草動物如羊、馴鹿等也會使土生的植物消滅.外來種還使土著植物滅絕,在菲律賓,由于引入豬、山羊和兔子,在1790～1840年間,有13個土著植物滅絕,包括兩個特有種.在1992～1993年,相繼在中國福建東山和廈門馬巒灣發(fā)現(xiàn)一種雙殼類沙篩貝,這個物種原產(chǎn)美洲,80年代首次在香港水域發(fā)現(xiàn),目前,上述兩處樁柱、浮筏和一切養(yǎng)殖設(shè)施表面幾乎百分之百被它占據(jù),把以往數(shù)量很大的藤壺、牡蠣等都排擠了,因爭奪餌料,使養(yǎng)殖的菲律賓哈仔、翡翠貽貝等產(chǎn)量大幅度下降.再如,在80年代我國從英國和美國引進(jìn)的大米草和互葉米草,在中國沿海灘涂種植,收到一定生態(tài)效益,但因繁殖迅速,與養(yǎng)殖業(yè)爭奪場地,改變了原來的灘涂生物群落.不僅如此,外來種的引入還會導(dǎo)致原有生境的破壞,引起生態(tài)系統(tǒng)發(fā)生變化,因此對外來種的引入要考慮其可能發(fā)生的后果,要持慎重態(tài)度.
（6）全球氣候變化.在未來的幾十年中,空氣污染的一個巨大的副效應(yīng)——全球變暖——將對地球上的生命造成巨大的傷害.人類引起的大氣中溫室氣體（主要是CO2和CH4等）的增加可能導(dǎo)致下一個世紀(jì)大氣溫度上升1～3℃,將會使陸地物種的忍受極限向極地轉(zhuǎn)移125公里,或在山地垂直高度上上升150米.許多物種的現(xiàn)在分布可能跟不上預(yù)期的氣候變化,一些物種可能消失,因此生態(tài)系統(tǒng)的結(jié)構(gòu)和功能可能發(fā)生較大的變化.