三菌指真菌、細菌、放線菌
細菌：細菌是所有生物中數(shù)量最多的一類,據(jù)估計,其總數(shù)約有 5×10^30細菌的個體非常小,目前已知最小的細菌只有0.2微米長,因此大多只能在顯微鏡下看到它們.細菌一般是單細胞,細胞結構簡單,缺乏細胞核、細胞骨架以及膜狀胞器.基于這些特征,細菌屬于原核生物.有莢膜、鞭毛、菌毛、芽孢等特殊結構,繁殖方式是簡單的裂殖.
放線菌:是一類革蘭氏陽性細菌,曾經由于其形態(tài)被認為是介于細菌和霉菌之間的物種.它們具有分支的纖維和孢子,依靠孢子繁殖,表面上和屬于真核生物的真菌類似,但因為放線菌沒有核膜,且細胞壁由肽聚糖組成,和其它細菌一樣.目前通過分子生物學方法,放線菌的地位被肯定為細菌的一個大分支.放線菌用革蘭氏染色可染成紫色（陽性）.
真菌：是一種真核生物.最常見的真菌是各類蕈類,另外真菌也包括霉菌和酵母.現(xiàn)在已經發(fā)現(xiàn)了七萬多種真菌.大多真菌原先被分入動物或植物,現(xiàn)在成為自己的界,分為四門.其營養(yǎng)體除少數(shù)低等類型為單細胞外,大多是由纖細管狀菌絲構成的菌絲體.在多數(shù)真菌的細胞壁中最具特征性的是含有甲殼質(chitin),其次是纖維素.常見的真菌細胞器有：線粒體,微體,核糖體,液泡,溶酶體,泡囊,內質網,微管,鞭毛等；常見的內含物有肝糖,晶體,脂體等.按有性或無性方式繁殖.
微生物學認為是四體：螺旋體、霉形體（支原體）、衣原體、立克次氏體
立克次氏體：是一類形體微小,一般呈球狀或桿狀的革蘭氏陽性、絕大多數(shù)只能在宿主細胞內繁殖的原核微生物.嚴格細胞內寄生.植物和動物細胞中都有存在,立克次氏體的形態(tài)結構和有些特性與細菌相似.從這句話中可以看出來,立克次氏體并非細菌.是介于細菌與病毒之間,而接近于細菌的一類原核生物.
支原體：是一群缺少細胞壁的真細菌,又稱霉形體,為目前發(fā)現(xiàn)的最小的最簡單的原核生物.支原體細胞中唯一可見的細胞器是核糖體
衣原體：為革蘭氏陰性病原體,在自然界中傳播很廣泛.它沒有合成高能化合物ATP、GTP的能力,必須由宿主細胞提供,因而成為能量寄生物,多呈球狀、堆狀,有細胞壁,以一般寄生在動物細胞內.從前它們被劃歸病毒,后來發(fā)現(xiàn)自成一類.它是一種比病毒大、比細菌小的原核微生物,呈球形,直徑只有O.3-0.5微米,它無運動能力,衣原體廣泛寄生于人類,哺乳動物及鳥類,僅少數(shù)有致病性.
螺旋體：細長、柔軟、彎曲呈螺旋狀的運動活潑的單細胞原核生物.全長3～500微米,具有細菌細胞的所有內部結構.在生物學上的位置介于細菌與原蟲之間,螺旋體廣泛分布在自然界和動物體內.