聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)-限制性片段長度多態(tài)性（PCR-RFLP）法是采用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）擴(kuò)增目的DNA片段,然后將待檢測的DNA片段用限制性內(nèi)切酶酶切,限制性內(nèi)切酶識(shí)別并切割特異的序列,然后將酶切后的產(chǎn)物進(jìn)行電泳,再由限制酶圖譜（restriction map）分析此段序列的特異切位點(diǎn),藉由片段的多樣性來比對(duì)不同來源基因序列的差異性.
簡而言之,就是先PCR擴(kuò)增相應(yīng)目的片斷,而后進(jìn)行限制性內(nèi)切酶切反應(yīng),電泳后觀察比較限制性圖譜來分析序列之間的差異.