相同：兼具分離和分析功能,均可以在線檢測
主要差別：
（1）操作條件差別
（2）進(jìn)樣方式差別
（3）檢測器差別
（4）流動相差別
（5）分析對象差別
詳細(xì)：
（1）操作條件差別GC：加溫操作HPLC：通常室溫操作,高壓泵操作
（2）進(jìn)樣方式差別GC：樣品需加熱氣化或裂解 HPLC：樣品制成溶液即可
（3）檢測器差別GC：通用型檢測器 TCD,MSD
選擇性檢測器 FID,ECD,FPD,NPD
HPLC：通用型檢測器 RID,ELSD, MSD
選擇性檢測器 UVD,PDAD,FD,ECD
4）流動相差別
GC：流動相為惰性氣體,組分與流動相無親合力
HPLC：流動相為液體,流動相與組分間具親合力, 這為提高柱選擇性、改善分離增加了因素 , 且流動相種類較多,選擇余地廣； 流動相極性和pH值選擇對分離起重要作用, 選不同比例兩種以上液體作為流動相可以 增大選擇性.
（5）分析對象差別
GC：
分析低分子量、低沸點(diǎn)有機(jī)化合物和永久性氣體；
配合程序升溫分析高沸點(diǎn)有機(jī)化合物；
配合裂解技術(shù)分析高聚物；
不能檢測揮發(fā)性差、熱穩(wěn)定性差和離子型樣品；
占有機(jī)物的20% .
HPLC：
既可分析低分子量、低沸點(diǎn)有機(jī)化合物；
也可分析中、高分子量和高沸點(diǎn)有機(jī)化合物；
對于熱不穩(wěn)定、難揮發(fā)、有生物活性及離子型化合物 均可檢測；
占有機(jī)物的80% .