排入太湖的主要污染物的來源有三大類,包括工業(yè)污染、農(nóng)業(yè)污染和生活污染.
工業(yè)污染
工業(yè)污染主要集中在紡織印染業(yè)、化工原料及化學(xué)制品制造業(yè)、食品制造業(yè)等領(lǐng)域.雖然近年來太湖流域?qū)嵤┻_標(biāo)排放,但由于經(jīng)濟高速發(fā)展,污染排放量迅速增加.隨著產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)移加快,一些技術(shù)含量低、污染嚴(yán)重的工業(yè)企業(yè)轉(zhuǎn)移到了監(jiān)管相對薄弱的農(nóng)村,大量工業(yè)污染沿著河網(wǎng)進入太湖,使太湖工業(yè)污染控制更加困難.
但在環(huán)境污染的支撐下,江蘇省、無錫市的經(jīng)濟快速發(fā)展.2006年江蘇GDP突破2.1萬億元.江蘇由此成為國內(nèi)“GDP兩萬億元俱樂部”的三省份之一.而化工產(chǎn)業(yè)在江蘇省產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)中占有較大比重,且集中分布于環(huán)太湖地區(qū).同時,化工行業(yè)也成為江蘇省“第一排污大戶”.
農(nóng)業(yè)污染
農(nóng)業(yè)主要是面源污染,而現(xiàn)有的農(nóng)業(yè)生產(chǎn)方式加重了農(nóng)業(yè)面源污染.據(jù)統(tǒng)計,太湖流域每年每公頃耕地平均化肥施用量（折純量）從1979年的24.4公斤增加到目前的66.7公斤.而一些發(fā)達國家規(guī)定每年每公頃耕地平均化肥施用量不得超過22.5公斤.
農(nóng)業(yè)面源污染主要來自于大量的農(nóng)用化學(xué)品的投入.過量使用化肥、農(nóng)藥的后果是造成環(huán)境的嚴(yán)重污染.　通過生態(tài)溝渠、生態(tài)攔截系統(tǒng)的建設(shè),可阻截大部分農(nóng)田損失的養(yǎng)分,但仍會有一部分養(yǎng)分進入河道,可利用現(xiàn)有河道建設(shè)生態(tài)型人工濕地或水面人工浮島技術(shù),種植挺水植物、浮葉植物等,充分吸收和利用農(nóng)田損失的養(yǎng)分,改善水質(zhì).
生活污染
生活污染產(chǎn)生的原因主要是城市生活污染治理偏低.太湖流域?qū)儆趥鹘y(tǒng)的江南水鄉(xiāng),河網(wǎng)密布,老式居民皆為沿河,家家都將生活污水直接倒入河流.除此之外分散的生活污染源也越來越成為污染物的主要成因.太湖地區(qū)人口密度已達每平方公里1000人左右,是世界上人口高密度地區(qū)之一.外來人口集中居住在城市邊緣區(qū)的農(nóng)村地區(qū),這些地區(qū)恰恰缺少必要的管理和污水處理系統(tǒng)等基礎(chǔ)設(shè)施.