結構蛋白本身帶有滯留信號,是不分泌出細胞的,所以不像分泌蛋白那樣一定會經過內質網、高爾基體,而且必然不會經過細胞膜.
合成的過程的話,先由細胞核中DNA轉錄產生相應的mRNA,mRNA通過核孔出細胞核,在核糖體上進行翻譯,由tRNA攜帶相應的氨基酸依次連續(xù)合成蛋白質肽鏈.蛋白質都是在核糖體上合成的,并且起始于細胞質基質.有些蛋白質在合成開始不久后便轉在內質網上合成（主要有：①向細胞外分泌的蛋白、如抗體、激素；②跨膜蛋白,并且決定膜蛋白在膜中的排列方式；③需要與其它細胞組合嚴格分開的酶,如溶酶體的各種水解酶；④需要進行修飾的蛋白,如糖蛋白.）內質網合成的蛋白質隨后進入高爾基體進行加工、分類、與包裝,然后分門別類地送到細胞特定的部位或分泌到細胞外.
另外,作為一項耗能的生命活動,結構蛋白的合成與加工需要有氧呼吸或無氧呼吸產生ATP供能,場所的話就是線粒體或者細胞質基質咯.