阿爾泰山脈分布于額爾齊斯河以北,東段在蒙古境內(nèi),在新疆境內(nèi)山段屬山脈南坡,呈西北至東南走向,長(zhǎng)約500公里.山勢(shì)較低,山脊線海拔約3000米,主要有阿勒泰市及青河縣境內(nèi)的阿爾泰山,奇臺(tái)、木壘哈薩克自治縣北部的北塔山和青河縣南部的阿爾曼特山,最高峰友誼峰海撥4373米,位于中、俄、蒙三國(guó)邊界；阿爾泰山處于濕潤(rùn)的西風(fēng)氣流迎風(fēng)面,降水較多森林部,草場(chǎng)繁茂,有著優(yōu)良的草場(chǎng)、是新疆畜牧業(yè)生產(chǎn)重要基地.
橫亙新疆中部的天山山脈,峰巒重疊、氣派雄偉,呈東西走向,分隔準(zhǔn)噶爾、塔里木兩面大盆地,總長(zhǎng)2500公里,是亞洲高大山系之一.天山山脈西段在哈薩克斯坦和吉爾吉斯境內(nèi),新疆境內(nèi)的為中、東段長(zhǎng)約1700公里,寬200—300公里,由三列平行的褶皺山脈組成,山勢(shì)細(xì)高東底,山體寬廣,山脊線海拔4000米以上.北脈有阿拉套山、科古琴山、婆羅科努山、博格達(dá)山等；中脈有阿拉喀爾山、那拉提山、艾爾溫根山等；南脈有科克沙爾山、哈爾克山、貼爾斯克山、科克鐵克山、霍拉山等.海撥5000米以上的山峰有托木爾峰（7435米是天山山脈的最高峰）、汗騰格里峰（6995米）、博格達(dá)峰（5445米）.天山有發(fā)育良好的森林、草原和冰川,景觀壯麗.天山分布著6890多條大小冰川,是天然的固體水庫(kù).天山的融冰化雪,匯集成二百多條河流,滋潤(rùn)和灌溉著天山南北的廣闊綠洲.在叢山峻嶺之間,分布著一個(gè)個(gè)盆地、谷地.著名的有哈密盆地、吐魯番盆地和伊犁谷地,土地肥沃,水草豐茂,形成了良好的山區(qū)天然草場(chǎng).
新疆南部的昆侖山系分布于塔里木沙漠南緣,自西向東包括：中國(guó)境內(nèi)的帕米爾高原,新疆與克什米爾間的喀喇昆侖山及主要在新疆、西藏間的昆侖山脈；北支還有阿爾金山,東北延伸接祁連山.昆侖山脈山勢(shì)高聳巍峨,平均山脊線海拔超過(guò)5000米,最高的喬戈里峰海拔8611米,位于中國(guó)與巴基斯但邊界上,為世界第二高峰.昆侖山系有70000米以上高峰10多處,如公格爾峰海拔7719米,公格爾九別峰7595米,號(hào)稱“冰山之父”的慕士塔格峰7546米,均在阿克陶縣境內(nèi).阿爾金山山勢(shì)較低,最高峰在且未縣東南,海拔6303米.中國(guó)第一大冰川音蘇蓋提冰川,也分布于昆侖山系.
其周圍簇?fù)碇鴶?shù)以百計(jì)的石塔和尖峰.這些山脈是山羊、羚羊、狼、褐熊以及稀有的雪豹的家園.新疆境內(nèi)這些連綿起伏的雪嶺冰峰,形成了新疆發(fā)達(dá)的冰川.自治區(qū)共有大小冰川1.86萬(wàn)多條,面積達(dá)24萬(wàn)多平方千米,占中國(guó)冰川總面積的42％,這些被稱為“固體水庫(kù)”的冰川為新疆提供比較穩(wěn)定的水源.新疆亦有許多河流發(fā)源于其間,其中全長(zhǎng)2l3千米的塔里木河是中國(guó)最長(zhǎng)的內(nèi)陸河,而中國(guó)惟一屬北冰洋水系的河流額爾齊斯河出自阿爾泰山脈.