菌株：又稱品系,表示任何由一個獨立分離的單細胞(或單個病毒粒子)繁殖而成的純種群體及其后代.因此,一種微生物的每一個不同來源的純培養(yǎng)物均可稱為該菌種的一個菌株.根據(jù)菌株的定義,菌株實際上是某一微生物達到“遺傳性純”的標(biāo)志,一旦菌株發(fā)生變異,均應(yīng)標(biāo)上新的菌株名稱.當(dāng)進行菌種保藏、篩選或科學(xué)研究時,在進行學(xué)術(shù)交流或發(fā)表論文時,在利用菌種進行生產(chǎn)時,都必須同時標(biāo)明該菌種及菌株名稱.
菌落（colony）單個微生物在適宜固體培養(yǎng)基表面或內(nèi)部生長繁殖到一定程度；形成肉眼可見有一定形態(tài)結(jié)構(gòu)的子細胞的群落.
在固體培養(yǎng)基上（內(nèi)）以母細胞為中心的一團肉眼可見的、有一定形態(tài)、構(gòu)造等特征的子細胞的集團.
生長在固體培養(yǎng)基上,由單個細胞繁殖形成的、肉眼可見的細菌群體.將分散的細胞或孢子接種到培養(yǎng)基上,在適宜條件,使其生長繁殖.由于細胞受到固體培養(yǎng)基表面或深層的限制,子代菌體常以母細胞為中心聚集在一起,形成具有一定形態(tài)結(jié)構(gòu)的子細胞群體.各種微生物在一定條件下形成的菌落特征（如大小、形狀、邊緣、表面、質(zhì)地、顏色等）具有一定的穩(wěn)定性,是衡量菌種純度、辨認和鑒定菌種的重要依據(jù).菌落特征與微生物的菌體形態(tài)結(jié)構(gòu)特征密切相關(guān).例如細菌、酵母菌不形成菌絲,其菌落僅生長在固體培養(yǎng)基表面,可用接種工具將其全部挑起,即與培養(yǎng)基結(jié)合不緊密；而放線菌、霉菌的菌體大多分化為營養(yǎng)菌絲與繁殖菌絲,其營養(yǎng)菌絲深入培養(yǎng)基中吸取營養(yǎng),故具有與培養(yǎng)基結(jié)合較緊,不易挑起等特征.