模體(motif)表示具有特定功能的或作為一個獨立結(jié)構(gòu)域一部分的相鄰的二級結(jié)構(gòu)的聚合體,它一般被稱為功能模體(functional motif)或結(jié)構(gòu)模體(structural motif),相當(dāng)于超二級結(jié)構(gòu)(super-secondary structure).模體和結(jié)構(gòu)域一起組成了蛋白質(zhì)的三級結(jié)構(gòu).
結(jié)構(gòu)模體作為結(jié)構(gòu)域的組分,介于蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)之間,由相鄰的二級結(jié)構(gòu)單元彼此相互作用,組合在一起,排列成規(guī)則的,在空間結(jié)構(gòu)能夠辨認(rèn)的二級結(jié)構(gòu)組合體,并充當(dāng)三級結(jié)構(gòu)的構(gòu)件,其基本形式有aa、bab和bbb等.多數(shù)情況下,只有非極性殘基側(cè)鏈參與這些相互作用,而親水側(cè)鏈多在分子的外表面.
常見模體:
(1)左手超螺旋——3根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋;
(2)右手超螺旋——3根左手螺旋擰到一起形成一個右手超螺旋,如膠原蛋白;
(3)卷曲螺旋——相鄰的2根右手a-螺旋擰到一起形成一個左手超螺旋;
(4)螺旋束——多個a-螺旋的聚合體;
(5)b-折疊-a-螺旋-b-折疊,即bab;
(6)b-發(fā)夾環(huán)——兩個反平行b-股由一個環(huán)相連;
(7)a-螺旋-b-轉(zhuǎn)角-a-螺旋,即aba;
(8)a-螺旋-環(huán)-a-螺旋(EF手相);
(9)Rossmann卷曲——也稱Rossmann折疊,它由兩個bab連在一起,形成babab結(jié)構(gòu),通常能結(jié)合輔酶I;
(10)希臘鑰匙模體——是一種全b折疊聚合體,存在于許多不同類型的蛋白質(zhì)中,因在拓?fù)鋵W(xué)上像古代花瓶上的希臘鑰匙而得名,清蛋白原就含有這種模體.
模體是刻畫蛋白質(zhì)家族組成結(jié)構(gòu)和執(zhí)行功能的重要部分,但是對于通過各種生物信息學(xué)方法識別出的模體,目前沒有很好的辦法辨別真假和優(yōu)劣.文中提出一種新的模體評價策略,從分類器的觀點出發(fā),對不同方法在同一個蛋白質(zhì)家族上建立的不同模體進(jìn)行比較,從而推斷出最具有生物意義的模體.本文在PROSITE數(shù)據(jù)庫中選取7個細(xì)胞因子家族,采用MEME和HMMER兩種模體識別方法分別識別每個家族的模體,將每個模體看作一個分類器,通過計算同一家族的每個模體的敏感性和特異性并比較它們對應(yīng)的接收機操作特性曲線,進(jìn)而比較不同模體,確定真的模體和排除假的模體,從而獲得每個蛋白質(zhì)家族的最佳模體的模型.這種策略可以應(yīng)用于對任意蛋白質(zhì)家族模體識別結(jié)果的評價.此外,還可以利用最佳模體搜索數(shù)據(jù)庫的結(jié)果預(yù)測每個家族的新成員.英文: A motif in art, literature, or music. 英文: Advantages: Fast prototyping --if your game fits the motif the tool's made for, you can probably get your game running faster than any other language. 英文: But in many other places, too, Muslim grievance has been yoked to a broader anti-capitalist or anti-globalist movement whose leitmotif is loathing of the Bush administration and all its works. 英文: By the study of jewelry creating on material, motif and form, making technology and the apply of computer, it can reveal that jewelry studying is not only as art, but also as science. 英文: “Tree Birth Motif and Cult of Tree in Myths of Peoples Belonging to Altaic Language Family”. Probation to Oirad Studies, Xinjiang People's Press, 1990.
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