A、細(xì)胞核內(nèi)存在易被堿性染料染成深色的物質(zhì)為染色質(zhì)，故A正確；
B、核仁是與核糖體形成有關(guān)的細(xì)胞核的結(jié)構(gòu)，不屬于細(xì)胞器，故B錯(cuò)誤；
C、核孔是mRNA、酶等大分子物質(zhì)進(jìn)出細(xì)胞核的通道，但DNA不能自由通過(guò)，具有選擇性，故C正確；
D、核膜是生物膜，生物膜的基本支架是磷脂雙分子層，故D正確．
故選：B．