達(dá)爾文進(jìn)化學(xué)說(shuō),回答了拉馬克所不能解釋的許多問(wèn)題,是當(dāng)時(shí)最完滿的進(jìn)化理論.該學(xué)說(shuō)在思想方面、學(xué)術(shù)內(nèi)容方面和科學(xué)方法方面作出了極其重要的貢獻(xiàn).但是在許多方面也引起了爭(zhēng)議.首先,達(dá)爾文關(guān)于生存斗爭(zhēng)的論述包括多個(gè)方面,即生物跟無(wú)機(jī)自然條件的斗爭(zhēng)；跟同一物種的斗爭(zhēng)——種內(nèi)斗爭(zhēng)；跟不同物種的斗爭(zhēng)——種間斗爭(zhēng).但他主要指的是繁殖過(guò)剩所引起的種內(nèi)斗爭(zhēng).顯然,達(dá)爾文的這種認(rèn)識(shí)是不全面的.事實(shí)上,生命自然界各類生物之間,既包括沖突,也包含和諧；既包含對(duì)抗,也包含合作.達(dá)爾文則過(guò)分強(qiáng)調(diào)“斗爭(zhēng)”這個(gè)側(cè)面,而忽略了其他方面的種種聯(lián)系.其次,他把繁殖過(guò)剩所引起的生存斗爭(zhēng)當(dāng)作生物進(jìn)化的主要?jiǎng)恿κ遣磺‘?dāng)?shù)?事實(shí)上,沒(méi)有繁殖過(guò)剩,物種也會(huì)變異,舊種也會(huì)絕滅,新的更發(fā)達(dá)的種也會(huì)取代它們.第三,達(dá)爾文的某些主張仍然得不到現(xiàn)代科學(xué)的支持.達(dá)爾文同意生物在環(huán)境條件影響下獲得的新性狀可代代遺傳.達(dá)爾文的這種獲得性遺傳（拉馬克提出）假說(shuō)作為科學(xué)上的一個(gè)普遍規(guī)律,仍然得不到充分的證明.
孟德?tīng)枺℅regor Johann Mendel,1822～1884）,奧地利遺傳學(xué)家,他提出了“遺傳因子說(shuō)”,即控制生物性狀的遺傳物質(zhì)是以自成單位的因子存在著.他們可以隱藏不顯,但不會(huì)消失.在減數(shù)分裂形成配子時(shí),成對(duì)因子互不干擾彼此分離；通過(guò)因子重組再表現(xiàn)出來(lái).孟德?tīng)柕挠^點(diǎn)說(shuō)明了支配遺傳性狀的是因子,而不是環(huán)境.這與達(dá)爾文獲得性遺傳的說(shuō)法顯然不同.德弗里斯（Hugo De Vries,1848～1935）,荷蘭植物學(xué)家,他提出了“突變論”,他認(rèn)為進(jìn)化不一定像達(dá)爾文所講的那樣,通過(guò)微小變異（連續(xù)變異）而形成,他說(shuō)變異可以是一種不連續(xù)的,由突變引起而直接產(chǎn)生新種.顯然,在德弗里斯看來(lái),自然選擇在進(jìn)化中的作用并不重要,只是對(duì)突變起過(guò)篩作用.摩爾根（Thomas hunt Morgan,1866～1946）,美國(guó)細(xì)胞遺傳學(xué)家.他提出了“基因論”,他認(rèn)為基因在染色體上呈直線排列,從而確立了不同基因與性狀之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系.這樣也就可以根據(jù)基因的變化來(lái)判斷性狀的變化了.摩爾根認(rèn)為,生物的基因重組是按一定的頻率必然要發(fā)生的,它的發(fā)生與外界環(huán)境沒(méi)有必然的聯(lián)系.并認(rèn)為,這種變異一經(jīng)發(fā)生就以新的狀態(tài)穩(wěn)定下來(lái).因此獲得性狀是不遺傳的.
新達(dá)爾文主義學(xué)派盡管提出了“種質(zhì)論”“基因論”“突變論”等,但也有許多地方引起了爭(zhēng)論.首先,新達(dá)爾文主義是在個(gè)體水平上研究生物進(jìn)化的,而進(jìn)化是群體范疇的問(wèn)題.因此,這一學(xué)說(shuō)在解釋生物進(jìn)化時(shí),在總體上具有一定的局限性.其次,新達(dá)爾文主義學(xué)派中的多數(shù)學(xué)者,漠視自然選擇學(xué)說(shuō)在進(jìn)化中的重要地位,因此他們不可能正確地解釋進(jìn)化的過(guò)程.
（1）種群是生物進(jìn)化的基本單位；進(jìn)化機(jī)制的研究屬于群體遺傳學(xué)的范圍.（2）突變、選擇、隔離是物種形成及生物進(jìn)化中的3個(gè)基本環(huán)節(jié).他認(rèn)為,突變是普遍存在的現(xiàn)象,突變不僅能產(chǎn)生大量的等位基因,還可以產(chǎn)生大量的復(fù)等位基因,從而大大增加了生物變異的潛能.隨機(jī)突變一旦發(fā)生后就受到選擇的作用,通過(guò)自然選擇的作用,使有害的突變消除,而保存有利的基因突變.其結(jié)果便造成基因頻率的定向改變,這才使新的生物基因類型得以形成.群體的基因組成發(fā)生改變以后,如果這個(gè)群體和其他群體之間能夠雜交就不能形成穩(wěn)定的物種,也就是說(shuō),物種的形成還必須通過(guò)隔離才能實(shí)現(xiàn).這是他早期提出的綜合理論,又稱“老綜合理論”.1970年,杜布贊斯基又發(fā)表了他的另一本書(shū)《進(jìn)化過(guò)程的遺傳學(xué)》.在這本書(shū)中,他又對(duì)以上綜合理論進(jìn)行修改,他認(rèn)為在大多數(shù)生物中,自然選擇都不是單純的起過(guò)篩作用的.在雜合狀態(tài)中,自然選擇保留了許多有害的甚至致死的基因,其原因就在于自然界存在著各種不同的選擇機(jī)制或模式.這一思想相對(duì)于“老綜合理論”成為他的“新綜合理論”.
化石（fossil） 保存在巖層中的古生物遺體、遺物和活動(dòng)遺跡.化石一詞源自拉丁文fossillis,意為挖掘.化石是古生物學(xué)的主要研究對(duì)象,它為研究地質(zhì)時(shí)期的動(dòng)、植物生命史提供了證據(jù).中國(guó)古籍中早已有關(guān)于化石的記載,如春秋時(shí)代的計(jì)然和三國(guó)時(shí)代的吳晉,都曾提到山西省產(chǎn)“龍骨”,“龍骨”即古代脊椎動(dòng)物的骨骼和牙齒的化石；《山海經(jīng)》也有“石魚(yú)”（即魚(yú)化石）的記述；南朝齊梁時(shí)期陶弘景有對(duì)琥珀中古昆蟲(chóng)的記述；宋朝沈括對(duì)螺蚌化石和杜綰對(duì)魚(yú)化石的起源,已有了正確認(rèn)識(shí).迄今,發(fā)現(xiàn)最早的細(xì)菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細(xì)菌化石.