在自然界中腐生著大量的細(xì)菌,它和其他腐生真菌聯(lián)合起來,把動(dòng)物、植物的死體和排泄物以及各種遺棄物分解為簡單物質(zhì),直至變?yōu)樗?、二氧化碳、氨、硫化氫或其他無機(jī)鹽類為止,它們不僅完成自然界物質(zhì)循環(huán)作用,還供給植物和農(nóng)作物肥料.
有益于農(nóng)業(yè)的細(xì)菌很多.如與豆科植物共生的根瘤菌,將空氣中的氮,固定為氮化物,供給豆科植物營養(yǎng)；土壤中的固氮菌能給高等植物提供氮肥；磷細(xì)菌把磷酸鈣、磷灰石、磷灰土分解為農(nóng)作物容易吸收的養(yǎng)分；硅酸鹽細(xì)菌能促進(jìn)土壤中磷、鉀轉(zhuǎn)化為農(nóng)作物可以吸收的物質(zhì).
細(xì)菌可用于工業(yè)方面.如利用細(xì)菌的發(fā)酵作用制造乳酸、丁酸、醋酸、丙酮等；此外,在造紙、制革、煉糖等方面以及浸剝麻纖維等也要利用細(xì)菌的活動(dòng).
在醫(yī)藥方面利用細(xì)菌也很多.如利用大腸桿菌產(chǎn)生的冬酰胺酶,用于治療白血??；腸膜狀明串珠菌產(chǎn)生右旋葡萄糖酐,是很好的代用血漿；人們利用殺死的病原菌或處理后喪失毒力的活病原菌,制成各種預(yù)防和治療疾病的疫苗；也利用細(xì)菌的活動(dòng),制取抗血清和抗生素.
病毒對人類也是有一定好處的,除了用噬菌體（一種專門溶解細(xì)菌的病毒）可以治療一些細(xì)菌性疾病外,隨著人們對病毒的認(rèn)識及生活規(guī)律的掌握,使其在現(xiàn)代醫(yī)學(xué)上推動(dòng)了免疫學(xué)的研究和發(fā)展.如：利用一些動(dòng)物病毒,經(jīng)過人工處理后制成的疫苗,用于預(yù)防接種,為人類帶來了巨大的好處.另外,病毒的益處表現(xiàn)在,農(nóng)業(yè)上可利用病毒制劑防治農(nóng)業(yè)和林業(yè)的病蟲害,不僅安全有效,而且減少了污染,有利于環(huán)境保護(hù),因此利用病毒進(jìn)行生物防治具有重要的發(fā)展前景.