生物體保存為化石的機會是非常少的,自然界中腐敗微生物無所不在,大部分生物在死亡之后就會被這些微生物所徹底分解.即便僥幸保存為化石,在漫長的地質(zhì)過程中,腐蝕、風化、沉積、淋濾等都會“攻擊”化石,導致這些化石在被發(fā)現(xiàn)之前就破壞掉了.\x0d一種主要的化石保存方式就是變化保存：即生物有機組織部分或全部變成新的物質(zhì),以下是幾種常見的變化保存：\x0d1,碳化,通過化學反應使動植物的有機組織被水帶走,只留下微細的碳痕.氮、氫、氧等元素都以氣體的形式被帶走,只留下生物的大體輪廓.碳化保存的生物通常有魚、植物的葉片及木材組織等.\x0d2,礦化或石化,常見于多孔生物材料的保存,如骨骼,植物,貝殼等.這些材料被埋藏后,地下水淋濾經(jīng)過他們的孔隙,其中含有的過飽和碳酸鈣或硅質(zhì)等就會在這些空隙中沉積,最終填充空隙保存生物結(jié)構(gòu).\x0d3,重結(jié)晶,改變了化石原來的內(nèi)部結(jié)構(gòu).重結(jié)晶會破壞化石的原始生物結(jié)構(gòu),常常形成大的晶體,礦物的成份通常不發(fā)生變化,變化的只是晶體結(jié)構(gòu).例如,許多貝殼原來是由文石組成,重結(jié)晶后就變成了更加穩(wěn)定的方解石.\x0d4,交待,是原始硬體組織被溶解,新的礦物在原位沉積的過程.硅化木森林就是這種保存的一個最好的例子,原始的生物材料全部被硅所取代.\x0d第二種就是未變保存（直接保存）：保存的化石沒有發(fā)生變化.常見的未變保存材料通常是未發(fā)生變化的生物硬體組織,比如貝殼,骨骼,牙齒等.這些材料沒有發(fā)生變化,特別是保存了某些生物的有機組織.其它的未變保存的例子包括化石珊瑚、貝殼、海綿骨骼、微體化石以及有硬體的其它生物.在特殊情況下,也會發(fā)生生物軟體的保存.\x0d古生物學家們也可以通過間接證據(jù)來研究古生物.這些間接證據(jù)包括鑄模,鑄型,遺跡及印痕,洞穴,鉆孔,糞便等.\x0d鑄模和鑄型是兩種常見的間接證據(jù),生物材料埋藏后被沉積物黏附.水滲入沉積物并帶走生物組織,在巖石中形成一個空腔,被稱為鑄模.這個鑄模的空腔被其它材料填充后就形成了鑄型.在有些情況下,碳酸鈣或石英等礦物會填充這些空腔,疏松的沉積物也可能會填充這些空腔.\x0d另外的一種間接證據(jù)就是遺跡化石.遺跡化石能提供很多生物活動的證據(jù).有幾種主要的遺跡化石：動物行走,取食,休息等留下的痕跡.例如,恐龍的足跡可以提供恐龍的大小,行走速度,獨居或群居等許多信息.洞穴和鉆孔是生物在地面或水底沉積物中鉆隧道,可以指示動物的取食,居住活動等.糞化石是動物的排泄物化石,可以提供動物內(nèi)臟的信息,以及動物的食性信息等.