根據(jù)代謝過程對氧的需求,微生物又分為好氧、厭氧和介于兩者間的兼性微生物.微生物分解有機物分為以下四個階段：
1、水解階段——被細菌胞外酶分解成小分子.例如：纖維素被纖維酶水解為纖維二糖和葡萄糖,淀粉被淀粉酶分解為麥牙糖和葡萄糖,蛋白質(zhì)被蛋白酶水解為短肽和氨基酸等,這些小分子的水解產(chǎn)物能被溶解于水,并透過細胞為細胞所利用.
2、發(fā)酵階段——小分子的化合物在發(fā)酵菌（即酸化菌）的細胞內(nèi)轉(zhuǎn)化為更為簡單的化合物,并分泌到細胞外.這一階段主要產(chǎn)物為揮發(fā)性脂肪酸（VFA）醇類、乳酸、CO2、氫、氨、硫化氫等.
3、產(chǎn)酸階段——上一階段產(chǎn)物被進一步轉(zhuǎn)化為乙酸、氫、碳酸以及新的細胞物質(zhì).
4、產(chǎn)甲烷階段——在這一階段乙酸、氫、碳酸、甲酸和甲醇等被轉(zhuǎn)化為甲烷、二氧化碳和新細胞物質(zhì).