科迪勒拉山系的成因,主要是大洋板塊和大陸板塊相互作用的結(jié)果.這一活動(dòng)與大西洋的張開及南部岡瓦納大陸的分離,特別是南美與非洲的分開,都有著密切的關(guān)聯(lián).
科迪勒拉山系主要形成于中生代—新生代.中生代前半期,科迪勒拉地槽處于沉降和堆積階段,侏羅紀(jì)末后,地槽處曾有多次造山運(yùn)動(dòng),并伴有廣泛的巖漿侵入.至白堊紀(jì)末拉拉米運(yùn)動(dòng),掀起了大規(guī)模造山運(yùn)動(dòng),其影響范圍北起阿拉斯加向南至大小安的列斯群島,在南美使安第斯地槽發(fā)生強(qiáng)烈的造山運(yùn)動(dòng),造就了整個(gè)安第斯山的褶皺構(gòu)造.至此,美洲大陸的面積向西擴(kuò)展了一大步.這次運(yùn)動(dòng)一直延續(xù)到第三紀(jì).新生代以后,科迪勒拉山系曾進(jìn)入一個(gè)以侵蝕為主的時(shí)期,使山間盆地、山前拗陷及低地處都有大量的陸相沉積,及至上新世又掀起巨大的上升運(yùn)動(dòng),并一直延續(xù)到第四紀(jì)及更后,這次運(yùn)動(dòng)使科迪勒拉山系重新抬升、褶皺、斷裂并伴隨巖漿侵入,熔巖噴發(fā)和火山活動(dòng).經(jīng)過這次運(yùn)動(dòng),科迪勒拉山系不僅具有年青的現(xiàn)代構(gòu)造地貌的特征,而且通過中美地峽,使南北美溝通聯(lián)系,并使它成為世界上最長的山體.
第四紀(jì)初期對科迪勒拉山系有一定的影響,從時(shí)間上看北段（北美）早于南段（南美）,冰川覆蓋的范圍則北段大于南段.不列顛哥倫比亞高原是科迪勒拉北段的冰川中心,南段主要是高山冰川.強(qiáng)烈的冰蝕作用,對科迪勒拉山系的面貌進(jìn)行了再蝕刻.