肺魚類有能夠呼吸空氣的肺及內(nèi)鼻孔,所以很長時間里它們都被認(rèn)為是最早的陸生四足類脊椎動物——兩棲類的祖先或近親.到了19世紀(jì)末期,肺魚類作為兩棲類祖先的地位一度被總鰭魚類取代,原因是總鰭魚類、尤其是其中的扇鰭魚類的骨骼系統(tǒng)更加接近于早期的兩棲類；而且,這些總鰭魚類也具有所謂的可用于呼吸的內(nèi)鼻孔；因此,科學(xué)界逐漸公認(rèn),總鰭魚目扇鰭魚亞目真掌鰭魚科中的骨鱗魚類是兩棲類的祖先.
但現(xiàn)在學(xué)術(shù)界仍有新的發(fā)現(xiàn),而且各派別也在爭論中.