A、X^aX^a（白雌）×X^aY（白雄）→X^aX^a（白雌）、X^aY（白雄），所以不能通過顏色判斷子代果蠅的性別，A錯誤；
B、X^AX^a（紅雌）×X^AY（紅雄）→X^AX^A（紅雌）、X^AX^a（紅雌）、X^AY（紅雄）、X^aY（白雄），所以不能通過顏色判斷子代果蠅的性別，B錯誤；
C、X^aX^a（白雌）×X^AY（紅雄）→X^AX^a（紅雌）、X^aY（白雄），所以可以通過顏色判斷子代果蠅的性別，C正確；
D、X^AX^a（雜合紅雌）×X^aY（白雄）→X^AX^a（紅雌）、X^aX^a（白雌）、X^AY（紅雄）、X^aY（白雄），因此不能通過顏色判斷子代果蠅的性別，D錯誤．
故選：C．