發(fā)酵工程以其生產(chǎn)條件溫和,原料來源豐富且價(jià)格低廉,產(chǎn)物專一,廢棄物對環(huán)境污染小和容易處理等特點(diǎn),而在醫(yī)藥工業(yè)、食品工業(yè)、農(nóng)業(yè)、冶金工業(yè)、環(huán)境保護(hù)等許多領(lǐng)域得到了廣泛的應(yīng)用,逐步形成了規(guī)模龐大的發(fā)酵工業(yè).在一些發(fā)達(dá)國家,發(fā)酵工業(yè)的總產(chǎn)值占到國民生產(chǎn)總值的5%左右.
在醫(yī)藥工業(yè)上的應(yīng)用
發(fā)酵工程在醫(yī)藥工業(yè)上的應(yīng)用,成效十分顯著,生產(chǎn)出了如抗生素、維生素、動物激素、藥用氨基酸、核苷酸（如肌苷）等.目前,常用的抗生素已達(dá)100多種,如青霉素類、頭孢菌素類、紅霉素類和四環(huán)素類.另應(yīng)用發(fā)酵工程大量生產(chǎn)的基因工程藥品有人生長激素、重組乙肝疫苗、某些種類的單克隆抗體、白細(xì)胞介素-2、抗血友病因子等.
在食品工業(yè)上的應(yīng)用
發(fā)酵工程在食品工業(yè)上的應(yīng)用十分廣泛,主要包括：
第一、生產(chǎn)傳統(tǒng)的發(fā)酵產(chǎn)品,如啤酒、果酒、食醋等,使產(chǎn)品的質(zhì)量和產(chǎn)量得到明顯提高.
第二、生產(chǎn)食品添加劑.如L-蘋果酸、檸檬酸、谷氨酸、紅曲素、高果糖漿等.
第三、單細(xì)胞蛋白的生產(chǎn).