首先,真正編碼基因的堿基很少
其次,非編碼區(qū)也有很多作用,比如說：
編碼rRNA等非表達RNA,
穩(wěn)定染色體結構（端粒,比如說）,
構成染色體結構（著絲粒,比如說）,
形成了突變及進化的基礎（編碼突變成非編碼,反之亦可）,
等等等等……
回答補充：
簡單點兒說,就是任何生物的DNA都不全是基因.這里還需要重新闡述一下基因的定義：編碼蛋白質的DNA片段.
以rRNA為例（這個你總該學了吧,就是構成核糖體的RNA片段）,它本質上不是一個蛋白質,但是目前除了某些特例之外,RNA都是以DNA為模板合成的（過程和mRNA基本相同）,所以基因組上就會有一部分DNA是用來編碼rRNA的.不過因為這部分DNA編碼的rRNA并不翻譯成蛋白質,所以不能稱之為“基因”,但其存在對于生物體來說又是必不可少的,所以也是非常重要的DNA序列.
其它非編碼基因的作用基本大同小異,它們也都不會被翻譯成任何蛋白質,但是對生物體來說也都是非常重要的組成.
對于最后關于突變進化的問題,你可以這樣理
通過對各種生物的基因組的研究,我們基本上可以得出這樣一個結論——越高等的生物體內DNA越大,其中非編碼DNA就越多.簡單的生物,比如病毒（這個東西到底算不算生物,學界還有爭執(zhí)）,其中幾乎所有的DNA（或者RNA）都是用來編碼蛋白的,有些蛋白的DNA序列甚至是重疊的（簡單理解成一段DNA序列編碼了蛋白質A的尾巴,同時又編碼了蛋白質B的頭）.在漫長的繁殖過程中,有些基因因為自然的突變失去了原有的活性,成為非編碼區(qū)；有些基因則通過突變而產(chǎn)生了具有新功能的、更有利于生物體生存的蛋白質；有些DNA序列通過突變達到了穩(wěn)定整個DNA分子的作用；而有些已經(jīng)成為非編碼區(qū)的DNA也可以通過突變重新變成編碼蛋白質的基因……久而久之,由于DNA序列的增多、減少以及改變,新的物種就誕生了,而這就是進化～