DNA上的一段在進(jìn)化上相對(duì)保守的堿基序列,即啟動(dòng)子那就可以說他的識(shí)別位點(diǎn)是DNA上的堿基，是吧？這么說也可以勉強(qiáng)接受RNA聚合酶作用于磷酸二酯鍵，那他為什麼還要識(shí)別堿基，而不是磷酸二酯鍵？只有先識(shí)別了DNA上對(duì)應(yīng)的堿基才知道從哪里開始合成RNA進(jìn)而翻譯成蛋白質(zhì)，作用于磷酸二酯鍵合成RNA的只是RNA聚合酶的幾個(gè)亞基而非全體。（以下引自百度百科）催化轉(zhuǎn)錄的RNA聚合酶是一種由多個(gè)蛋白亞基組成的復(fù)合酶。如大腸桿菌的 RNA聚合酶有五個(gè)亞基組成，其分子量為480000，含有α，β，β’，δ等4種不同的多肽，其中α為兩個(gè)分子，所以全酶（holoenzyme）的組成是α2ββ’δ。α亞基與RNA聚合酶的四聚體核心（α2ββ’）的形成有關(guān)；β亞基含有核苷三磷酸的結(jié)合位點(diǎn)；β’亞基含有與DNA模板的結(jié)合位點(diǎn)；而Sigma因子只與RNA轉(zhuǎn)錄的起始有關(guān)，與鏈的延伸沒有關(guān)系，一旦轉(zhuǎn)錄開始，δ因子就被釋放，而鏈的延伸則由四聚體核心酶（core enzyme）催化。所以，δ因子的作用就是識(shí)別轉(zhuǎn)錄的起始位置，并使RNA聚合酶結(jié)合在啟動(dòng)子部位。那麼轉(zhuǎn)錄完畢之后，RNA又是怎樣釋放的呢？是有某一種酶作用，還是怎樣讓他與DNA之間的堿基斷裂的，如果是，那是什么酶呢？一般情況下，RNA聚合酶起始基因轉(zhuǎn)錄后，它就會(huì)沿著模板5‘-3’方向不停移動(dòng)，合成RNA鏈，直到碰上終止信號(hào)時(shí)才會(huì)與模板DNA相脫離并釋放新生RNA鏈。終止發(fā)生時(shí)，所有參與形成RNA-DNA雜合體的氫鍵都必須被破壞，模板DNA才能與有意義鏈重新組合成DNA雙鏈。根據(jù)體外實(shí)驗(yàn)中RNA聚合酶是否需要輔助因子參與才能終止RNA鏈的延伸，可將大腸桿菌中的終止子分為不依賴于ρ因子和依賴于ρ因子兩大類。在不依賴于ρ因子的終止反應(yīng)中，沒有任何其他因子的參與，核心酶也能在某些位點(diǎn)終止轉(zhuǎn)錄，即可特異性識(shí)別自身合成RNA的富GC發(fā)夾區(qū)與聚U區(qū)相連結(jié)構(gòu)，并從模板DNA解離釋放的過程。現(xiàn)已查明，模板DNA上存在終止轉(zhuǎn)錄的特殊信號(hào)--終止子。每個(gè)基因或操縱子都有一個(gè)啟動(dòng)子和一個(gè)終止子。ρ因子是一個(gè)由六個(gè)相同亞基組成的六聚體，具有NTP水解酶和解旋酶活性，能水解各種核苷酸三磷酸，通過催化NTP水解促使新生RNA從三元轉(zhuǎn)錄復(fù)合物中解離出來從而終止轉(zhuǎn)錄。目前認(rèn)為ρ因子是RNA聚合酶終止轉(zhuǎn)錄的重要輔助因子。