藍(lán)藻不具葉綠體、線粒體、高爾基體、中心體、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)和液泡等細(xì)胞器,含葉綠素a,無(wú)葉綠素b,含數(shù)種葉黃素和胡蘿卜素,還含有藻膽素（是藻紅素、藻藍(lán)素和別藻藍(lán)素的總稱(chēng)）.一般說(shuō),凡含葉綠素a和藻藍(lán)素量較大的,細(xì)胞大多呈藍(lán)綠色.同樣,也有少數(shù)種類(lèi)含有較多的藻紅素,藻體多呈紅色,如生于紅海中的一種藍(lán)藻,名叫紅海束毛藻,由于它含的藻紅素量多,藻體呈紅色,而且繁殖的也快,故使海水也呈紅色,紅海便由此而得名.藍(lán)藻雖無(wú)葉綠體,但在電鏡下可見(jiàn)細(xì)胞質(zhì)中有很多光合膜,叫類(lèi)囊體,各種光合色素均附于其上,光合作用過(guò)程在此進(jìn)行.