A、腎蕨屬于蕨類植物，水綿屬于藻類植物，香菇屬于真菌，不是植物，可見其親緣關(guān)系較遠，共同特征較少，細(xì)胞結(jié)構(gòu)的相似度低．不符合題意．
B、酵母菌、靈芝屬于真菌，豌豆屬于植物．可見其親緣關(guān)系較遠，共同特征較少，細(xì)胞結(jié)構(gòu)的相似度低．不符合題意．
C、小麥、番茄、大豆屬于種子植物門，親緣關(guān)系較近，共同特征較多，細(xì)胞的相似度高．符合題意．
D、水稻屬于種子植物，葫蘆蘚屬于苔蘚植物，大腸桿菌屬于細(xì)菌，不是植物，可見其親緣關(guān)系較遠，共同特征較少，細(xì)胞結(jié)構(gòu)的相似度低．不符合題意．
故選：C