二級結(jié)構(gòu)為三葉草結(jié)構(gòu),特征為：由四臂、四環(huán)組成,已配對的片段稱為臂,未配對的稱為環(huán).葉炳是氨基酸臂,其上含有CCA-OH3',此結(jié)構(gòu)是接受氨基酸的位置.氨基酸臂對面是反密碼子環(huán).在他的中部含有三個相領(lǐng)堿基組成的反密碼子,可與mRNA上的密碼子互相識別.左環(huán)是二氫尿嘧啶環(huán)（D環(huán)）,它與核糖體的結(jié)合有關(guān).右環(huán)是假尿嘧啶環(huán)（TψC環(huán)）,氨基酰-tRNA合成酶的結(jié)合有關(guān).在反密碼子與假尿嘧啶環(huán)之間是可變環(huán),它的大小決定著tRNA分子大的種類.