1902年3月,22歲的魯迅為了尋求救國(guó)救民的真理,離別祖國(guó),到日本留學(xué).1904年8月入仙臺(tái)醫(yī)學(xué)專門學(xué)校學(xué)醫(yī).他想用醫(yī)學(xué)“救活像我父親似的被誤的病人的疾苦,戰(zhàn)爭(zhēng)時(shí)候便去當(dāng)醫(yī)”,為反壓迫、反侵略的斗爭(zhēng)出力；還想以醫(yī)學(xué)作為宣傳新思想的工具,啟發(fā)人們社會(huì)改革的信仰,達(dá)到改造國(guó)家的目的.但是,現(xiàn)實(shí)的教育,使他終于認(rèn)識(shí)到“醫(yī)學(xué)并非一件緊要事”,重要的是改變?nèi)藗兊木?于是1906年秋便棄醫(yī)從文,離開仙臺(tái)去東京,決定用文藝喚醒人民,使祖國(guó)富強(qiáng)起來(lái).魯迅在仙臺(tái)醫(yī)專學(xué)習(xí)期間,結(jié)識(shí)了藤野先生,并建立了深摯的情誼.
魯迅與藤野先生分別20年后的1926年,正值中國(guó)第一次國(guó)內(nèi)革命戰(zhàn)爭(zhēng)進(jìn)入高潮的時(shí)期,也是魯迅世界觀發(fā)生偉大飛躍的前夜.這年秋天,在反動(dòng)軍閥及其御用文人的迫害下,魯迅離開北京,來(lái)到廈門.他在一封信中曾說：“我來(lái)廈門,雖是為了暫避軍閥官僚‘正人君子’們的迫害,然而小半也在休息幾時(shí),使有些準(zhǔn)備.”所謂“休息”和“準(zhǔn)備”,乃是回顧自己走過的革命路程,清理和解剖自己的思想,總結(jié)斗爭(zhēng)經(jīng)驗(yàn),以迎接新的更大的戰(zhàn)斗.《藤野先生》就是這時(shí)在廈門大學(xué)圖書館樓上寫成的.