根據(jù)"三界"理論,可將生物分為古細菌,真細菌和真核生物.其中,真細菌包含我們一般所說的細菌.而真菌是隸屬于真核生物的,而且是較低等的真核生物,例如霉菌,酵母等.
古細菌是新近發(fā)現(xiàn)的,多生活在極端條件下.例如高溫,高鹽的環(huán)境中.真細菌是原核生物.
古細菌,真細菌和真核生物在生物進化地位上的關系目前認為是:三者起源與共同的祖先,但真細菌較早地分離出去,因而古細菌與真核生物的親緣關系相對較近.古細菌與真細菌在生命代謝活動方面有較大相似點,而古細菌和真核生物在基因的復制,轉錄及翻譯等過程中比較相似.
但隨著生物信息學的發(fā)展及系統(tǒng)發(fā)生分析的進一步深入,人們發(fā)現(xiàn)先前的"三界"理論似乎面臨著較大的挑戰(zhàn).