根據(jù)意思分析：
檢查并確定所有的門(mén)都已經(jīng)關(guān)上,所有的燈也已經(jīng)關(guān)上之后,這個(gè)孩子打開(kāi)了自己臥室的門(mén).
如果用其他幾個(gè)選項(xiàng),就成了……并且弄清為什么（什么時(shí)候、在哪里）燈被關(guān)上后…….這樣的句子是不是有些不合情理?
從結(jié)構(gòu)上分析,having后省略了that(加上也可以）,后面是一個(gè)賓語(yǔ)從句,只不過(guò)省略了引導(dǎo)詞that,所以這個(gè)賓語(yǔ)從句的并列結(jié)構(gòu),即第二個(gè)賓語(yǔ)從句也應(yīng)該是that引導(dǎo)的賓語(yǔ)從句（所謂的平行結(jié)構(gòu)問(wèn)題）