不同物種的染色體都有各自特定的形態(tài)結(jié)構(gòu)（包括染色體的長(zhǎng)度、著絲點(diǎn)位置、臂比、隨體大小等）特征,而且這種形態(tài)特征是相對(duì)穩(wěn)定的.因此,染色體核型分析是植物種質(zhì)資源遺傳性研究的重要內(nèi)容.
染色體核型分析主要包括染色體長(zhǎng)度、染色體臂比、著絲點(diǎn)位置、次縊痕等.染色體的長(zhǎng)度差異有兩種,一種是不同種、屬間染色體組間相對(duì)應(yīng)的染色體的絕對(duì)長(zhǎng)度差異,一種是同一套染色體組內(nèi)不同染色體的相對(duì)長(zhǎng)度差異.絕對(duì)長(zhǎng)度通常在放大的照片或圖象上以微米（μm）進(jìn)行測(cè)量,然后按下式換算：
染色體絕對(duì)長(zhǎng)度 = 放大的染色體長(zhǎng)度（μm）× 1000 / 放大倍數(shù)
絕對(duì)長(zhǎng)度不大穩(wěn)定,這是因?yàn)轭A(yù)處理?xiàng)l件和染色體的縮短程度難以完全相同,即使同一個(gè)體的不同細(xì)胞的染色體,縮短程度也常常不同.因此,絕對(duì)長(zhǎng)度只有在染色體大小差異明顯的種或?qū)匍g的比較才有價(jià)值.而對(duì)于染色體大小差異不明顯的材料間的比較,常常以相對(duì)長(zhǎng)度作為量度染色體的標(biāo)準(zhǔn).染色體相對(duì)長(zhǎng)度是以百分比表示,通常采用Levan（1964）的公式計(jì)算：
染色體相對(duì)長(zhǎng)度 =（染色體長(zhǎng)度/染色體組總長(zhǎng)度）× 100%
由于相對(duì)長(zhǎng)度排除了因技術(shù)原因引起的染色體短縮程度不同所產(chǎn)生的差異,因此,相對(duì)長(zhǎng)度值是一個(gè)較穩(wěn)定的可比較的數(shù)值.而絕對(duì)長(zhǎng)度則往往只記錄變異范圍.不同屬、種,以及不同變種之間,因染色體變異,會(huì)引起同源染色體長(zhǎng)臂與短臂不一樣,這通常用染色體臂比來進(jìn)行比較.通用公式如下：
染色體臂比 = 長(zhǎng)臂（L）/短臂（S）
由于染色體長(zhǎng)臂和短臂不一,就表現(xiàn)出著絲點(diǎn)位置不同.此外,在核型分析中,次縊痕或核仁組成區(qū)（NOR）和隨體（SAT）的數(shù)目、分布和大小的差異,常常成為區(qū)分某些近緣種或?qū)俚闹饕卣?因此,它們識(shí)別與判斷極為重要.例如,蔥、洋蔥和大蒜的染色體數(shù)目和基本形態(tài)都相近似,但是,其隨體的數(shù)目、大小和位置明顯不同,而易于區(qū)分.