看你的描述,表達的應該不是融合基因.
標記基因的產物不會影響到目的基因產物的表達.因為做瞬時表達的時候,會用空載體或是不加誘導劑的處理作對照,最后電泳的時候標記基因的產物和其他蛋白一樣在實驗組和對照組之間沒有差異,有差異的帶才是目的基因的產物.
回補充問題：目的基因與標記基因的產物當然是混在一起的,表達所用的菌株自身的代謝產物也混在里面,這些不影響,你要檢測的是目的蛋白,是在這個混合物里面的差異蛋白.
如果你講的是轉基因的話,標記基因在轉基因受體里面根本不會表達,因為質粒上標記基因的啟動子應該是原核生物的啟動子,受體一般都是真核生物,目的基因也要連上啟動子才可以表達.