raw_count應(yīng)該是某個轉(zhuǎn)錄本/基因的測到的原始reads條數(shù),normalized_count是經(jīng)過標(biāo)準(zhǔn)化的數(shù)據(jù)量；
差異分析需要統(tǒng)計(jì) raw_count,FPKM值,pvalue我是用normalized_count的值做差異分析的，不知道可不可以，而且差異很顯著，但我不知道他們經(jīng)過rsem處理后的數(shù)據(jù)，拿來用會不會有問題做差異分析就是用normalized_count的值來做的。先根據(jù)count，利用rsem軟件來計(jì)算表達(dá)量，然后根據(jù)表達(dá)量進(jìn)行表達(dá)差異分析。
使用RSEM計(jì)算表達(dá)量是因?yàn)椋河捎谫|(zhì)量剪切后會有以下現(xiàn)象發(fā)生，如果一個pair-end的片段map到序列上確實(shí)只記一個count，另外還有兩種情況是read只有一部分map到了參考序列上，或者read map到了參考序列的多個位置上。因此RSEM會用最大似然法(Expectation-Maximization) 來估計(jì)一個count值。