A、①酵母菌為真菌的一種，屬于真核生物，遺傳物質(zhì)是DNA；②乳酸菌為細(xì)菌的一種，屬于原核生物，遺傳物質(zhì)是DNA；⑥煙草花葉病毒是非細(xì)胞生物，既不是原核生物也不是真核生物，屬于RNA病毒，遺傳物質(zhì)是RNA．遺傳物質(zhì)可復(fù)制，故有可能發(fā)生基因突變，A錯(cuò)誤；
B、①酵母菌、②乳酸菌和③硝化細(xì)菌都不能進(jìn)行光合作用，故都不含葉綠素．①酵母菌和②乳酸菌都是腐生生物，屬于分解者；③硝化細(xì)菌能進(jìn)行化能合成作用，屬于生產(chǎn)者，B錯(cuò)誤；
C、①酵母菌和③硝化細(xì)菌都能進(jìn)行有氧呼吸．①酵母菌只能利用現(xiàn)成有機(jī)物，為異養(yǎng)生物；③硝化細(xì)菌能進(jìn)行化能合成作用，為自養(yǎng)生物，C錯(cuò)誤；
D、③硝化細(xì)菌是細(xì)菌，④衣藻和⑤金魚(yú)藻是植物，都具有細(xì)胞結(jié)構(gòu)，且都有細(xì)胞壁，D正確．
故選：D．