1942年愛因斯坦為紀念牛頓誕生300周年而寫的文章,對牛頓的一生作如下的評價“只有把他的一生看作為永恒真理而斗爭的舞臺上一幕才能理解他”.此贊語最恰當不過的了.
牛頓在科學上的成就須由他的哲學思想和科學方法來尋根求源.牛頓的學生R.科茨曾在《原理》第2版序言中道出了其中的奧妙.古希臘、羅馬的哲學家憑著對自然現象的觀察和思考總結出論斷,例如泰勒斯的學說：萬物的根源是水.即使像德謨克利特、盧克萊修的原子論,現在來評價還是很高的.但是他們的方法憑天才的臆測、思維與辯論,稱之為思辨哲學.到了中世紀,對自然現象的觀察、測量和實驗的風氣逐漸形成了.在物理學科中伽利略的實驗工作是實驗物理學的開端,牛頓深受其影響.隨后牛頓使作為實驗科學的物理學形成一個光輝體系,同時也使科學實驗方法闖入了哲學思想的殿堂.
牛頓認為從現象中可以得出科學原理,或者說科學基本原理可以從現象中導得或推出.牛頓在《原理》和《光學》兩書中明白表達他的做學問的方法,即要明白無誤地區(qū)別猜測、假設和實驗結果（及由此而歸納得出的結論）,還有從某些假設條件下所得到數學推導.《原理》第一編十四章中處理細微粒子的運動和第二編命題23中設想氣體中有相互排斥質點的模型都是牛頓運用具有物理實質性的數學模型的例子,但是他對這些問題缺少實質性的實驗證據,未能寫出無可辯駁的論述.論者可能認為牛頓只注重從實驗運用歸納法得出定律,而無視演繹法的重要性.這是有違事實的.1713年牛頓在出版《原理》第2版時在給他的學生科茨的信中提到運動定律是居于首位的定律或稱之為公理,并說它們都是從現象中推斷或稱演繹而來的,并運用歸納法使之普適化.牛頓說：“這是一個命題在哲學中所能達到最高境界的例證.”誠然,必須看到歸納與演繹不能人為地對立起來.恩格斯指出“歸納和演繹正如分析和綜合一樣,是必然相互聯系著的.不應當犧牲一個而把另一個捧到天上去”.牛頓在此早著先鞭.關于實驗與假設之間的關系,牛頓在各種場合都有論述.他在給奧爾登堡的信中說：“進行哲學研究的最好和最可靠的方法,看來第一是勤勤懇懇地探索事物的屬性并用實驗來證明這些屬性.然后進而建立一些假說,用以解釋這些事物的本性.”給科茨信中說：“任何不是從現象中推論出來的說法都應稱之為假說,而這樣一種假說無論是形而上學的還是物理學的,無論屬于隱蔽性質的還是力學性質的,在實驗哲學中都沒有它們的地位.”牛頓這些論述奠定了自然哲學的基礎,啟開了實驗科學的大門,300年來為自然科學的繁榮立下了不朽功勛.牛頓研究事物規(guī)律的方法不同于那些只從簡單的物理假設出發(fā)的人,而是通過邏輯的演繹法得到對事物現象的解釋.愛因斯坦指出：“牛頓才第一個成功地找到了一個用公式清楚表述的基礎,從這基礎出發(fā)他用數學的思維,邏輯地、定量地演繹出范圍很廣的現象并且同經驗相符合.”“在牛頓之前還沒有什么實際的結果支持那種認為物理因果關系有完整鏈條的信念.”