苯酚、氯仿、異戊醇抽提DNA的原理是通過有機溶劑抽提,去除蛋白,多糖,酚類等雜質,再加入乙醇沉淀即可使核酸分離出來.
使用苯酚抽提細胞 DNA 時,苯酚的作用是使蛋白質變性,同時抑制了 DNase 的降解作用.用苯酚處理勻漿液時,由于蛋白與 DNA 聯結鍵已斷,蛋白分子表面又含有很多極性基團與苯酚相似相溶.蛋白分子溶于酚相,而 DNA 溶于水相.
氯仿的作用是克服酚的缺點；加速有機相與液相分層.最后用氯仿抽提：去除核酸溶液中的跡量酚.（酚易溶于氯仿中）
用酚-氯仿抽提細胞基因組 DNA 時,通常要在酚-氯仿中加少許異戊醇,為什么?因為異戊醇可以減少蛋白質變性操作過程中產生的氣泡.異戊醇可以降低表面張力,從而減少氣泡 產生.另外,異戊醇有助于分相,使離心后的上層含 DNA 的水相、中間的變性蛋白相及下層有機溶劑相維持穩(wěn)定.