A、甲組中噬菌體沒(méi)有細(xì)胞結(jié)構(gòu)，變形蟲(chóng)是動(dòng)物細(xì)胞，都沒(méi)有細(xì)胞壁，故A正確；
B、變形蟲(chóng)和衣藻都是真核細(xì)胞，都具有核膜，故B正確；
C、丙組中噬菌體沒(méi)有細(xì)胞結(jié)構(gòu)，藍(lán)藻是原核細(xì)胞，都沒(méi)有染色體，丁變形蟲(chóng)和衣藻都是真核細(xì)胞，都具有染色體，丙與丁的分類(lèi)依據(jù)可以是有無(wú)染色體，故C正確；
D、甲噬菌體、變形蟲(chóng)以及藍(lán)藻都沒(méi)有葉綠體，甲與乙的分類(lèi)依據(jù)可以是能否光合作用，故D錯(cuò)誤．
故選：D．