古菌、細(xì)菌和真核生物
在細(xì)胞結(jié)構(gòu)和代謝上,古菌在很多方面接近其它原核生物.然而在基因轉(zhuǎn)錄這兩個分子生物學(xué)的中心過程上,它們并不明顯表現(xiàn)出細(xì)菌的特徵,反而非常接近真核生物.比如,古菌的轉(zhuǎn)譯使用真核的啟動和延伸因子,且轉(zhuǎn)譯過程需要真核生物中的TATA框結(jié)合蛋白和TFIIB.
古菌還具有一些其它特徵.與大多數(shù)細(xì)菌不同,它們只有一層細(xì)胞膜而缺少肽聚糖細(xì)胞壁.而且,絕大多數(shù)細(xì)菌和真核生物的細(xì)胞膜中的脂類主要由甘油酯組成,而古菌的膜脂由甘油醚構(gòu)成.這些區(qū)別也許是對超高溫環(huán)境的適應(yīng).古菌鞭毛的成分和形成過程也與細(xì)菌不同.
基於rRNA序列的系統(tǒng)發(fā)生樹,顯示了可明顯區(qū)別的三支：細(xì)菌(Bacteria)、古菌(Archaea)和真核生物(Eukarya)