酶的催化機(jī)理和一般化學(xué)催化劑基本相同,也是先和反應(yīng)物（酶的底物）結(jié)合成絡(luò)合物,通過降低反應(yīng)的能來提高化學(xué)反應(yīng)的速度,在恒定溫度下,化學(xué)反應(yīng)體系中每個(gè)反應(yīng)物分子所含的能量雖然差別較大,但其平均值較低,這是反應(yīng)的初態(tài).
S（底物）→P（產(chǎn)物）這個(gè)反應(yīng)之所以能夠進(jìn)行,是因?yàn)橛邢喈?dāng)部分的S分子已被激活成為活化（過渡態(tài)）分子,活化分子越多,反應(yīng)速度越快.在特定溫度時(shí),化學(xué)反應(yīng)的活化能是使1摩爾物質(zhì)的全部分子成為活化分子所需的能量（千卡）.
酶（E）的作用是：與S暫時(shí)結(jié)合形成一個(gè)新化合物ES,ES的活化狀態(tài)（過渡態(tài)）比無催化劑的該化學(xué)反應(yīng)中反應(yīng)物活化分子含有的能量低得多.ES再反應(yīng)產(chǎn)生P,同時(shí)釋放E.E可與另外的S分子結(jié)合,再重復(fù)這個(gè)循環(huán).降低整個(gè)反應(yīng)所需的活化能,使在單位時(shí)間內(nèi)有更多的分子進(jìn)行反應(yīng),反應(yīng)速度得以加快.如沒有催化劑存在時(shí),過氧化氫分解為水和氧的反應(yīng)（2H2O2→2H2O+O2）需要的活化能為每摩爾18千卡（1千卡=4.187焦耳）,用過氧化氫酶催化此反應(yīng)時(shí),只需要活化能每摩爾2千卡,反應(yīng)速度約增加10^11倍.