1明確設定實驗因子和反應因子
實驗因子是指實驗所操縱的因子,反應因子是指由操縱實驗因子所引起的變化（即實驗結果）,它們的確定是進行方案設計的前提.如在“酸堿度對酶催化作用的影響”的實驗中,實驗因子是溶液pH值的變化,反應因子是酶催化作用的強弱.
2有效控制無關因子
所謂的無關因子并不是與實驗效果無關,而是指除實驗因子外也影響實驗效果的因子,只是這些因子不是本實驗所要探究、關心的實驗因子.要考察實驗因子所產(chǎn)生的效果,就要對無關因子進行控制,這是實驗設計最顯著、最重要的特點,是實驗設計應遵循的基本準則.最常用的控制無關因子的方法主要有：
3成功操縱實驗因子
我們正是通過操縱實驗因子來觀察或測量反應因子的變化的,因此實驗因子的成功操縱是實驗的核心.如離子交換吸附實驗中的實驗因子是溶液中有無離子,因此能否確保對照組中的液體無離子（實驗因子的操縱）是實驗能否成功的關健.
4 科學觀察反應因子
實驗結果是否準確,也取決于確定的觀察或測量指標是否得當、是否合理、是否全面、是否清楚.如在上述“酸堿度對酶催化作用的影響”實驗中,加入碘液以觀察溶液有否變藍及變藍的程度來確定淀粉酶是否起作用及催化作用的強弱.
5需要注意的基本原則
1、科學性原則：
2、可行性原則：
3、簡便性原則：
4、可重復性原則：重復、對照、隨機是保證實驗結果準確的三大原則.
5、單一變量原則：不論一個實驗有幾個實驗變量,都應確定一個實驗變量對應觀測一個反應變量,這就是單一變量原則,它是處理實驗中的復雜關系的準則之一.
6、對照性原則：實驗中的無關變量很多,必須嚴格控制,要平衡和消除無關變量對實驗結果的影響,對照實驗的設計是消除無關變量影響的有效方法.只有設置對照實驗,才能有效地排除其它因素干擾結果的可能性.
設置對照組有4種方法：
(1)空白對照：即不給對照組做任何處理；例如,在“唾液淀粉酶催化淀粉”的實驗中,實驗組滴加了唾液淀粉酶液,而對照組只加了等量的蒸餾水,起空白對照.
(2)條件對照：這種對照方法是指不論實驗組還是對照組的對象都作不同條件的處理,目的是通過得出兩種相對立的結論,以驗證實驗結論的正確性.
(3)自身對照:指對照組和實驗組都在同一研究對象上進行,不再另外設置對照組；例如,“質壁分離與復原”實驗,自身對照簡便,但關鍵要看清楚實驗處理前后的現(xiàn)象及變化差異.
(4)相互對照:不單獨設置對照組,而是幾個實驗相互為對照.這種方法常用于等組實驗中.“植物向光性”實驗中,利用若干組燕麥胚芽鞘的不同條件處理的實驗組之間的對照,說明了生長素與植物生長彎曲的關系.