獨立遺傳的細胞學(xué)基礎(chǔ)是：
研究的生物體必須是二倍體(體內(nèi)染色體成對存在),并且所研究的相對性狀差異明顯.在減數(shù)分裂過程中,形成的各種配子數(shù)目相等,或接近相等；不同類型的配子具有同等的生活力；受精時各種雌雄配子均能以均等的機會相互自由結(jié)合.受精后不同基因型的合子及由合子發(fā)育的個體具有同樣或大致同樣的存活率.雜種后代都處于相對一致的條件下,而且試驗分析的群體比較大.
染色體學(xué)說：
控制兩對或n對性狀的兩對或n對等位基因分別位于不同的同源染色體上,在減數(shù)分裂形成配子時,每對同源染色體上的每一對等位基因發(fā)生分離,而位于非同源染色體上的基因之間可以自由組合.
在雜合子細胞中,位于一對同源染色體上的等位基因,具有一定的獨立性,生物體在進行減數(shù)分裂時,等位基因會隨著同源染色體的分離而分離,分別進入兩個配子中,獨立地隨配子遺傳給后代.（在豌豆雜交的實驗中,子二代出現(xiàn)了性狀分離,分離比接近3：1.
基因自由組合定律的實質(zhì)：位于非同源染色體上的非等位基因的分離或組合是互不干擾的,在減數(shù)分裂形成配子的過程中,同源染色體上的等位基因彼此分離,同時非同源染色體上的基因自由組合.F1產(chǎn)生的雌配子和雄配子就各有4種,分別是YR、Yr、yR和yr,并且他們的數(shù)量比接近1：1:1:1.受精時配子的結(jié)合是隨機的,因此結(jié)合方式可以有16種,共9種基因型和4種表現(xiàn)型.9種基因型分別是YYRR、YYRr、YyRR、YyRr、YYrr、yyRR、yyRr和yyrr；4種表現(xiàn)型是：黃色圓粒、黃色皺粒、綠色圓粒和綠色皺粒.并且4種表現(xiàn)型的比例接近9:3:3:1.細胞學(xué)說強調(diào)的一切動植物都是有細胞構(gòu)成，細胞來自細胞。孟德爾遺傳學(xué)主要是按細胞學(xué)、特別是從染色體的角度來說明。染色體細胞學(xué)已成為通向生物學(xué)其他領(lǐng)域的橋梁。利用細胞學(xué)說中的細胞來自細胞的學(xué)說。在減數(shù)分裂過程中，形成的各種配子數(shù)目相等，或接近相等；不同類型的配子具有同等的生活力；受精時各種雌雄配子均能以均等的機會相互自由結(jié)合。受精后不同基因型的合子及由合子發(fā)育的個體具有同樣或大致同樣的存活率。這些為孟德爾的遺傳學(xué)打下了堅實的基礎(chǔ)。