格列佛第三次出游到了飛島國.那是在一七○六年八月五日,他乘坐大商船“好望號”到印度支那和馬來亞一帶航海.因受到海盜襲擊,他被海盜放逐到一條獨(dú)木舟上,幸好海浪把他送上了陸地.登上岸后,他了發(fā)現(xiàn)了一種奇異的現(xiàn)象：空中飛來了一座住滿了人的島嶼,把太陽遮蔽了六、七分鐘.然后,那飛島降落到地面,格列佛便乘機(jī)爬了上去.飛島上的人面貌和服飾都很奇特.“他們的頭不是向右偏,就是向左歪.他們有一只眼睛凹在里面,另一只眼睛直沖著天頂”.他們的外衣上裝飾著太陽、月亮、星球的圖形；他們的發(fā)音器官和聽覺器官都很遲鈍,要用一個吹脹了的尿脬拍擊他的嘴和耳朵,他們才能說話和聽話,否則他們會把剛剛發(fā)生的事忘記.
島上的人總是惶惶不安,因為他們對天文很有研究.害怕太陽一天天接近地球,地球會被太陽吞食了.他們早上一遇見熟人,便首先問候太陽的健康.這個飛島只有一萬英畝左右,底層由金剛石層構(gòu)成,靠一塊磁石操縱能隨意升降.飛島上住著國王和他的貴族們,還有些工匠、婦女和兒童.國王統(tǒng)治著飛島外的大片領(lǐng)土和屬國.如果臣民們不服從或進(jìn)行叛亂,他便駕著飛島飛臨肇事地點(diǎn)的上空；輕則奪他們享受陽光與雨水的權(quán)利,重則用飛島直接落到他們的頭上,壓碎一切房屋建筑和人畜.
格列佛在飛島上遭到冷遇.他沒住多久,國王便把他發(fā)遣到下界首都拉格多去.在這里,他結(jié)識了貴族孟諾第,參觀了他的田莊,同時訪問了國家科學(xué)院和學(xué)校.這里科學(xué)家們正興致勃勃地在進(jìn)行各種可笑的研究：有的在埋頭設(shè)計如何從黃瓜里提取陽光；有的想把糞便還原為食物；有的想到用豬耕地；還有的想利用蜘蛛織網(wǎng),用風(fēng)箱打氣法治病等等.在學(xué)校教育中,這里的人,準(zhǔn)備取消詞匯,認(rèn)為這樣有益于健康.一位教授正在寫一本關(guān)于如何偵破反政府陰謀的書.于是格列佛向他介紹了蘭敦（暗指倫敦）關(guān)于這方面的做法.格列佛說：“那里的居民差不多都是偵探、見證人、告密者、上訴人、起訴人、證明人、發(fā)誓控告人和他們手下的爪牙……在這個王國里制造陰謀的人大都是企圖抬高自己的政客身份,使一個軟弱無能的政府恢復(fù)元?dú)?鎮(zhèn)壓或者緩和群眾的不滿情緒,竊取沒收來的財物填滿自己的口袋,左右輿論使它能符合于個人利益.”教授聽了很高興,準(zhǔn)備把它寫進(jìn)書里去.
格列佛離開拉格多后,到了飛島另一屬地巫人島.這里的長官精通魔術(shù),能把死去的鬼魂召喚前來.格列佛會見了亞歷山大、凱撒、龐貝、荷馬、亞里士多德等歷史上的有名人物.他還將羅馬的議會和現(xiàn)代議會作了一番比較,認(rèn)為：“羅馬的議會好象是英雄和半神人的聚會,而現(xiàn)代的議會卻象是一群小販、扒手、強(qiáng)盜和暴徒.”同時,他還要求會見了古代英國農(nóng)民,認(rèn)為“他們風(fēng)俗淳樸,衣服飲食簡單,一向公平交易,具有真正的自由精神,勇敢愛國,他們這些美德在過去都是很有名的”,而現(xiàn)在“都被他們的子孫為了幾個錢給賣光了”.后來,格列佛又游歷了拉格奈格王國,這里的臣子謁見國王時要舔地板,國王把毒藥撒在地板上殺死他不喜歡的大臣.在這里他還見到了長生不老的人,了解到長生不老并不是一件幸福的事.他乘船到了日本.一七○九年四月,他搭乘荷蘭船回到英國.這次航歷時五年六個月,是時間最長的一次.