從細(xì)菌鑒定角度而言,細(xì)菌形態(tài)受培養(yǎng)方法、培養(yǎng)基、培養(yǎng)時(shí)間等因素影響.細(xì)胞形態(tài)基本穩(wěn)定；菌落的形態(tài)學(xué)包括菌落大小、形狀、高度、邊緣、顏色、表面狀態(tài)、密度、硬度.菌落形態(tài)學(xué)一般在培養(yǎng)24～48 h內(nèi)肉眼觀測(cè),不同培養(yǎng)基菌落形態(tài)學(xué)可發(fā)生變化.菌落形態(tài)學(xué)對(duì)于菌種的鑒定有重要價(jià)值（如弧菌種類的鑒定）.
細(xì)胞形態(tài)學(xué)主要是指用顯微鏡觀察細(xì)菌細(xì)胞大小、形態(tài)、細(xì)胞排列方式、細(xì)胞的特殊結(jié)構(gòu)等描述細(xì)菌細(xì)胞形態(tài)的科學(xué).細(xì)菌的細(xì)胞形態(tài)觀察包括細(xì)菌的整個(gè)細(xì)胞周期,包括細(xì)菌形態(tài)、革蘭染色、抗酸染色觀察、內(nèi)芽孢染色、鞭毛觀察等.
二者之間是否存在內(nèi)在聯(lián)系及原因尚待進(jìn)一步研究.