跨膜結(jié)構(gòu)域（transmembrane domain,TM）,常常是由跨膜蛋白的效應(yīng)區(qū)域所展現(xiàn).跨膜蛋白,通俗說即跨越膜的兩端的蛋白質(zhì),其跨膜部分為β桶或α螺旋結(jié)構(gòu).有一種專門預(yù)測跨膜區(qū)的方法：TMpred .它依靠一個跨膜蛋白數(shù)據(jù)庫,其包含了每個序列的一些附加信息：如跨膜結(jié)構(gòu)區(qū)域的數(shù)量、跨膜結(jié)構(gòu)域的位置及其側(cè)翼序列的情況.Tmpred利用這些信息并與若干加權(quán)矩陣結(jié)合來進(jìn)行預(yù)測.