所謂抗原,是指能在體內引起免疫反應的物質；某一物質能否成為抗原,首先是由它本身的某些性質決定的.凡是具有抗原性的物質多數是蛋白質,其結構較復雜,分子量較大,具有異物性（抗原與所刺激的機體自身物質的差異）等等.而病原微生物及其毒素、異種天然蛋白質等多具有上述性質,所以都是良好的抗原.
例如,細菌、病毒等能引起機體產生相應的抗體.事實上,每種微生物均為由各種抗原成分組成的復合物.以細菌為例,它的不同結構（細胞壁、鞭毛、菌體等）分別由不同抗原成分組成,而每一具體結構（如菌體）又由多種抗原組成.有些細菌代謝產物（如外毒素）抗原性也很強.在醫(yī)學買驗中,可用甲醛使外毒素脫毒后成為類毒素.脫毒作用既改變了外毒素與細胞結合的能力,又清除了它的極強的毒性作用.這種類毒素仍保留了抗原性,可引起抗毒素的產生,因而可用于人工免疫.所以,一般微生物是不易穿入組織內的,皮膚、粘膜除了能機械地阻擋微生物的侵入外,皮膚的附屬器,如汗腺可分泌乳酸,皮脂腺可分泌不飽和脂肪酸,它們都有微弱的殺菌作用.粘膜的分泌物也有殺菌作用.如淚液和唾液內含有溶菌酶,能殺死某些革蘭氏陽性細菌：氣管和支氣管的柱狀纖毛上皮細胞的小纖毛不停地向外擺動,把吸入的細菌排至喉頭,咯出體外.此外,皮膚、粘膜的正常菌群也起到一定的保護作用.
當皮膚、粘膜這道防線出了毛病時,微生物就會乘機侵入體內組織中.這時,首先由局部的吞噬細胞奮起迎戰(zhàn),還有更多的吞噬細胞從其它部位調來參戰(zhàn).因為體內到處遍布吞噬細胞,有的駐扎在一定的部位站崗放哨,有的在全身巡邏,隨時警惕著來犯之敵,微生物的一些產物也會把吞噬細胞吸引過來,猶如花香把蜜蜂吸引過來那樣.而且吞噬細胞并不是孤軍作戰(zhàn),體液內的其它殺菌物質,如抗體和補體除了能參與殺菌、抑菌外,還能與吞噬細胞協(xié)同作戰(zhàn).還有白細胞產生的溶菌酶、干擾素以及其它細胞因子,它們都共同發(fā)揮抗微生物作用,此外,體內還有一些特殊的組織結構,嚴密而又巧妙地構成機體的內部屏障,保護著重要的器官.
人體內除了有以上這些非專業(yè)隊伍外,還有專業(yè)隊伍,即特異性免疫細胞,它們受過專門訓練,其作用有針對性或專一性.例如我們的免疫器官受傷寒桿菌侵襲后,受到了訓練,產生了抗傷寒桿菌的抗體和免疫淋巴細胞,因而抗傷寒的能力大大加強了,當人體的防御系統(tǒng)因某些原因而削弱,或微生物的毒力較強、數量較多,敵強我弱時,疾病就會發(fā)生.