A．根據(jù)N（分子數(shù)）=nN_A知，物質(zhì)的量相等的氫氣和氦氣，其分子數(shù)相等，一個氫氣分子中含有2個氫原子，一個氦氣分子中含有一個氦原子，所以其原子個數(shù)不等，故A錯誤；
B．根據(jù)N（分子數(shù)）=nN_A知，物質(zhì)的量相等的氫氣和氦氣，其分子數(shù)相等，一個氫氣分子中含有2個質(zhì)子，一個氦氣分子中含有2個質(zhì)子，所以含有的質(zhì)子數(shù)相等，故B正確；
C．根據(jù)m=nM知，等物質(zhì)的量的氫氣和氦氣，其質(zhì)量與摩爾質(zhì)量有關(guān)，氫氣的摩爾質(zhì)量是2g/mol，氦氣的是4g/mol，所以其質(zhì)量不等，故C錯誤；
D．氣體摩爾體積未知，導(dǎo)致無法判斷其體積大小，故D錯誤；
故選B．