化石能確定地層的相對(duì)時(shí)代及劃分、對(duì)比地層；提供環(huán)境標(biāo)志及確定和恢復(fù)古沉積環(huán)境；了解在成巖成礦中的作用.在地球的發(fā)展和演進(jìn)中,不少類(lèi)別的化石新舊更替及演化迅速,形成特征不同的類(lèi)群.這些類(lèi)群的古生物,在不同地史時(shí)期的沉積中,可形成不同的化石群或化石組合,成為確定地層時(shí)代和劃分地層的重要依據(jù). 化石能提供環(huán)境標(biāo)志,判斷和恢復(fù)古沉積環(huán)境,建立古生物和現(xiàn)代生物的親緣關(guān)系.如浮游有孔蟲(chóng),放射蟲(chóng),牙形刺等僅產(chǎn)于海相沉積中；如中,新生代的輪藻,某些介形蟲(chóng)和硅藻僅產(chǎn)于陸相的淡水沉積中；某些底棲有孔蟲(chóng)和介形蟲(chóng)及少數(shù)的輪藻,產(chǎn)于濱海的邊緣環(huán)境的半咸水沉積等等.這些不同類(lèi)別的古生物在其生存期間,對(duì)于水域的溫度,鹽度,深度,渾濁度和沉積底性等都有一定的要求.通過(guò)對(duì)各類(lèi)化石群落或化石組合的古生態(tài)分析并結(jié)合古沉積學(xué)的研究,用將今論古法的推測(cè)方法,便可判斷和恢復(fù)古沉積環(huán)境.如已查明我國(guó)渤海灣,黃海,東海和南海都形成于新生代,在第三紀(jì)時(shí),由于氣候干熱和海進(jìn)的影響,我國(guó)東部沿海地區(qū)形成大量的咸水,半咸水沉積,這種環(huán)境為形成豐富的石油資源創(chuàng)造了條件.這都是利用微體古生物學(xué)的研究成果. 在成巖成礦中的作用,生物（包括微古生物）不僅可以形成燃料礦產(chǎn),如煤、石油、天然氣、油頁(yè)巖等,還有某些金屬硫化礦床、磷礦、硅藻土,而且還可形成自然硫、各種鐵礦、錳礦、鈾礦、鋁土礦等礦產(chǎn).許多生物都有富集成礦元素的作用,如某些海生生物體中金的含量為海水的830倍,銅為3700倍,鋁為267000倍.另一些微體生物雖然不能成礦,但可以指示找礦的方向或是確定含礦層的位置等 .