包括啟動(dòng)、延伸和終止.啟動(dòng)RNA聚合酶正確識(shí)別DNA模板上的啟動(dòng)子并形成由酶、DNA和核苷三磷酸(NTP)構(gòu)成的三元起始復(fù)合物,轉(zhuǎn)錄即自此開(kāi)始.DNA模板上的啟動(dòng)區(qū)域常含有TATAATG順序,稱普里布諾(Pribnow)盒或P盒.復(fù)合物中的核苷三磷酸一般為GTP,少數(shù)為ATP,因而原始轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物的5′端通常為三磷酸鳥(niǎo)苷(pppG)或腺苷三磷酸(pppA).真核 DNA上的轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)區(qū)域也有類似原核DNA的啟動(dòng)區(qū)結(jié)構(gòu),和在-30bp（即在酶和 DNA結(jié)合點(diǎn)的上游30核苷酸處,常以—30表示,bp為堿基對(duì)的簡(jiǎn)寫(xiě)）附近也含有TATA結(jié)構(gòu),稱霍格內(nèi)斯(Hogness)盒或 TATA盒.第一個(gè)核苷三磷酸與第二個(gè)核苷三磷酸縮合生成3′-5′磷酸二酯鍵后,則啟動(dòng)階段結(jié)束,進(jìn)入延伸階段.延伸σ亞基脫離酶分子,留下的核心酶與 DNA的結(jié)合變松,因而較容易繼續(xù)往前移動(dòng).核心酶無(wú)模板專一性,能轉(zhuǎn)錄模板上的任何順序,包括在轉(zhuǎn)錄后加工時(shí)待切除的居間順序.脫離核心酶的σ亞基還可與另外的核心酶結(jié)合,參與另一轉(zhuǎn)錄過(guò)程.隨著轉(zhuǎn)錄不斷延伸,DNA雙鏈順次地被打開(kāi),并接受新來(lái)的堿基配對(duì),合成新的磷酸二酯鍵后,核心酶向前移去,已使用過(guò)的模板重新關(guān)閉起來(lái),恢復(fù)原來(lái)的雙鏈結(jié)構(gòu).一般合成的 RNA鏈對(duì)DNA模板具有高度的忠實(shí)性.RNA合成的速度,原核為25～50個(gè)核苷酸／秒,真核為45～100個(gè)核苷酸／秒.終止 轉(zhuǎn)錄的終止包括停止延伸及釋放 RNA聚合酶和合成的 RNA.在原核生物基因或操縱子的末端通常有一段終止序列即終止子； RNA合成就在這里終止.原核細(xì)胞轉(zhuǎn)錄終止需要一種終止因子ρ（四個(gè)亞基構(gòu)成的蛋白質(zhì)）的幫助.真核生物 DNA上也可能有轉(zhuǎn)錄終止的信號(hào).已知真核DNA轉(zhuǎn)錄單元的3′端均含富有AT的序列〔如AATAA(A)或ATTAA(A)等〕,在相隔 30bp之后又出現(xiàn)TTTT順序（通常是3～5個(gè)T）,這些結(jié)構(gòu)可能與轉(zhuǎn)錄終止或者與3′端添加多聚A順序有關(guān).