by 不能省略,可以理解為：通過...方法
整句話的意思時： 很多的疫苗都是使用基因改造制造的.
這里使用了被動語態(tài)：be+過去分詞,by而表示vaccine是動作承受者和using genetic modification是執(zhí)行者.
made跟doing沒有關系,而是by（所有介詞除了to外）后面一定跟名詞,而動詞變名詞就是+ing.
哎,被動語態(tài)有怎么難理解嗎?當然也可以換過來變成主動語態(tài)；把執(zhí)行者變成主語,承受者變成賓語,去掉過去分詞形式.
“using genetic modification”,“make”,“many vaccines”這里沒有人物執(zhí)行者,你可以加上“Scientists,Geneticist,biologist,或者doctor.如：Scientists use genetic modication to make many of the vaccines.又或者
Genetic modification is used to make many of the vaccines. 有用一次被動語態(tài).